Utrata Ziemi Świętej w 1291 r. pozbawiła szpitalników nie tylko tamtejszych posiadłości, ale też podstawowego celu istnienia. Wymusiło to znalezienie powodu, który w oczach współczesnych uzasadniał dalsze funkcjonowanie i posiadanie rozległych beneficjów. Budowa własnej floty była kluczowa w opanowaniu Dodekanezu, począwszy od 1306 r., zapewniając dominację w tej części Morza Śródziemnego, skuteczną obronę Państwa Zakonnego i kontrolę szlaków handlowych regionu. Przywróciła też Rodos rolę istotnego portu tranzytowego. Ochrona statków chrześcijańskich, walka z piratami i flotami muzułmańskimi to niektóre z realizowanych przez nią zadań. Licencjonowane przez Zakon corso, przynosiło znaczące profity Skarbcowi, a obowiązek służby na galerach przez mieszkańców Rodos sprawiał, że flota i jej obsługa były istotne dla poddanych i samych joannitów. Była skutecznym narzędziem utrzymania przez Zakon podległych terytoriów, wymuszania ustępstw politycznych na sąsiadach i posłuszeństwa poddanych.